Nuo 2003 m. tai Lietuvos kūno kultūros akademijos klubas (2004-2006 m. žaidė dvi komandos - LKKA ir „Atleto“). 2004-2008 m. žaidė LFF I lygoje, daugumą sezonų baigė lentelės viduryje. 2009 m. NFKA A lygoje likus tik 4 praeito sezono komandoms klubas sutiko pereiti į A lygą kartu su Gargždų „Banga“ ir Pakruojo „Kruoja“.