Futbolo mokyklą 1959 m. įkūrė sporto meistras Stasys Paberžis, tapęs ir pirmuoju mokyklos treneriu. 1978-1992 m. mokykla veikė kaip Vilniaus „Žalgirio“ olimpinio rezervo specializuota futbolo mokykla. 1992 m. mokykla tapo pavaldi Švietimo skyriui.
Nuo 2001 m. mokykla pavaldi Vilniaus miesto savivaldybei. 2008 m. mokykloje dirba 17 trenerių.
Mokykloje treneriais yra dirbę garsūs šalies futbolo specialistai - B. Zelkevičius, A. Liubinskas, K. Latoža, V.Dirmeikis, J. Muliuolis, G. Kalėdinskas, V. Čiegis, R. Grušas, L. Dūda ir kiti.
Mokykloje karjerą pradėjo pradėjo V. Sukristovas, K. Latoža, G. Paberžis, J. Jurgelevičius, A. Mackevičius, I. Jakubovskis, E. Jankauskas, G. Mikulėnas, T. Žvirgždauskas, T. Ražanauskas, I. Morinas, A. Skerla, D. Šemberas, R. Džiaukštas, M. Kalonas, P. Grybauskas, D. Miceika.