Klaipėdoje 1945 metais iš geriausių miesto futbolininkų suburta komanda „Audra“ dalyvavo Lietuvos čempionate. Vėliau daug kartų keitėsi komandos pavadinimas. Komandos pasiekimai - dalyvavimas taurės finale 1953 m. ir trečioji vieta 1947 bei 1959 metų čempionatuose.
1962 m. Klaipėdos „Granito“ komanda užėmė 2 vietą Lietuvos čempionate ir įgijo teisę žaisti TSRS futbolo sistemoje (B klasėje). Nuo 1962 m. keletą metų mieste buvo dvi komandos tuo pačiu pavadinimu - „Granito“ meistrų komanda (žaidusi TSRS sistemoje) ir kūno kultūros kolektyvas „Granitas“ (žaidė Lietuvos čempionate).
1970 m. komandą ėmė remti Lietuvos žvejybos laivynas, todėl profesionalų komanda persivadino „Atlantu“. 1974 m. TSRS II lygoje „Atlantas“ sugebėjo pasiekti aukštesnę vietą, nei sovietmečiu stipriausia Vilniaus „Žalgirio“ komanda.
1985 m. komanda iškovojo pirmąją vietą II lygoje ir po pereinamojo turnyro pirmą kart pateko į TSRS I lygą, kur žaidė tik vieną sezoną.
1990 m. Žvejybos laivynui atsisakius remti komandą, beveik visi žaidėjai perėjo į Klaipėdos „Sirijų“, kuris 1990 m. Pabaltijo šalių čempionate užėmė 2 vietą, o per pirmą Lietuvos čempionatą, kuriame rungtyniavo visos stipriausios Lietuvos komandos, užėmė 1 vietą.
Nuo 1991 m. iki 1996 m. šalies čempionate rungtyniavo dvi Klaipėdos komandos – „Sirijus“ ir „Granitas“ (buvusi neoficiali „Atlanto“ dukterinė komanda). 1992 m. „Granitas“ pervadintas Klaipėdos „Aru“.
1996 m. abi komandos liko be finansavimo šaltinių ir nuspręsta jas sujungti į vieną Klaipėdos „Atlanto“ klubą.
2011 m. klubui paskelbta bankroto procedūra, tačiau komanda baigė A lygos sezoną, o 2012 m. pradžioje klubo valdymą perėmė Romualdas Jonaitis.