Futbolo klubas „Vėtra“ įkurtas 1996 m. liepos 7 d. Rūdiškėse. 2004 m. persikėlė į Vilnių. Klubo komanda nuo 2003 m. be pertraukų žaidžia A Lygoje.
2008-2009 ir 2009-2010 m. dalyvavo UEFA taurės varžybose. 2010 m. pradžioje į skolas įklimpusio klubo valdymą perėmė rusų verslininkas Antonas Treušnikovas, o 2010 m. kovo 4 d. paskelbė, kad klubo nebefinansuos. Net ir po tokių žinių klubas pateikė licencijavimo komitetui apeliaciją dėl nesuteiktos A lygos licencijos, licencijos negavo, tačiau išimties tvarka komandai leista dalyvauti 2010 m. A lygoje (atimant 6 taškus).