2006 m. Marijampolės apskrities pirmenybės – LFF III lygos varžybų dalis. 6 komandų varžybos prasidėjo 2006 m. ir tęsėsi iki 2006 m. gruodžio 31 d.
Prieš šį sezoną organizuotos 2008 m. Alytaus apskrities vyrų futbolo čempionato varžybos, kitą sezoną - 2008 m. Utenos apskrities pirmenybės.