2006 m. Baltijos čempionų taurė – 1 Baltijos šalių čempionų taurės sezonas. 3 komandų varžybos prasidėjo 2006 m. rugpjūčio 10 d. ir tęsėsi iki 2006 m. rugpjūčio 12 d.
Sekantis varžybų sezonas - 2010 m. Baltijos čempionų taurė.
Iš viso šį sezoną buvo sužaistos 3 rungtynės, įmušta 14 įvarčių.
Rezultatyviausios sezono rungtynės – 4 : 6 (2006 m. rugpjūčio 11 d. Talino TVMK - Panevėžio „Ekranas“)
Ilgiausia pralaimėjimų seka – 2 rungtynės (Talino TVMK - nuo 2006 m. rugpjūčio 10 d. iki 2006 m. rugpjūčio 11 d.)