1999 m. Moterų futbolo čempionatas – Lietuvos 1 lygmens varžybos, 6 Moterų futbolo A lygos sezonas. 4 komandų varžybos prasidėjo 1999 m. rugsėjo 4 d. ir tęsėsi iki 1999 m. spalio 23 d.
Prieš šį sezoną organizuotos 2001 m. Moterų futbolo čempionato varžybos, kitą sezoną - 2000 m. Moterų futbolo čempionatas.
Iš viso buvo sužaista 12 rungtynių, įmušti 48 įvarčiai.
Ilgiausia sezono seka be pergalių – 6 rungtynės (Nemenčinės „Rūta“ - nuo 1999 m. rugsėjo 5 d. iki 1999 m. spalio 23 d.)
Rungtynės, kuriose namų komandai pavyko pelnyti daugiausiai įvarčių – 6 : 0 (1999 m. spalio 2 d. Ukmergės „Šventupė“ - Nemenčinės „Rūta“)