1999 m. LFF II lygos Pietų zona – LFF II lygos varžybų dalis. 11 komandų varžybos prasidėjo 1999 m. rugpjūčio 19 d. ir tęsėsi iki 1999 m. lapkričio 6 d. Prieš šį sezoną organizuotos 2003 m. LFF II lygos varžybos, kitą sezoną - 2000 m. LFF II lyga.